Dengan kurang daripada 800 ekor yang masih wujud, Pongo tapanuliensis mempunyai populasi terendah di antara semua kera yang ada. Ia telah menjadi spesies kritikal yang terancam, walaupun belum dinilai oleh Kesatuan Pemuliharaan Alam Sekitar Antarabangsa. Dalam hutan, keseluruhan spesies ini dikelilingi 1,000 km2 (400 bt2). Ancaman kepada spesies ini termasuklah penebangan hutan, memburu, konflik dengan manusia, pemedagangan hidupan liar, dan projek hidroelektrik yang dicadangkan dalam lingkungan mereka. Kemerosotan pembiakan juga mungkin disebabkan oleh sais populasi yang kecil dan julat yang berpecah.